O “Tribunal do Santo Ofício” ou “A Inquisição” foi criado na Idade Média (século XIII) pela Igreja Católica Romana, e consistia nos tribunais que julgavam os considerados uma ameaça às doutrinas da Igreja e nos chamados tribunais secularesque aplicavam as penas/torturas. Esta forma de julgamento foi cada vez mais se alastrando e tomando conta de países europeus como: Portugal, França, Itália e Espanha.
Os suspeitos eram perseguidos, torturados e julgados, e os que eram condenados, cumpriam as penas que iam desde prisão temporária ou perpétua até a morte na fogueira em plena praça pública. Os perseguidos não tinham o direito de saberem quem os denunciara, mas estes podiam dizer os nomes de todos seus inimigos para averiguação deste tribunal medieval.
Cientistas também foram perseguidos e até condenados por defenderem ideias contrárias à doutrina cristã da época. Como o caso do astrônomo italiano Galileu Galilei, que por pouco não foi pra fogueira por causa da sua teoria heliocêntrica. O cientista italiano Giordano Bruno foi julgado e condenado a morte pelo tribunal.
Eram consideradas bruxaria todas as práticas que envolviam a cura através de chás ou remédios feitos de ervas ou outras substâncias. As chamadas “bruxas medievais" nada mais eram do que conhecedoras do poder de cura das plantas e também foram duramente torturadas e condenadas à fogueira.
Este movimento acabou por atrair os interesses políticos. O rei e a rainha da Espanha, durante o século XV, se aproveitaram destes tribunais para perseguirem os nobres e principalmente os judeus. No primeiro caso, eles reduziram o poder da nobreza, já no segundo, eles se aproveitaram deste poder para torturar e matar os judeus, lhes tomando seus bens.
Milhares de pessoas foram torturadas ou queimadas vivas por acusações que, na maioria das vezes, eram injustas e infundadas. Esta perseguição aos hereges e protestantes foi finalizada somente no início do século XIX.
No Brasil, os tribunais chegaram a ser instalados no período colonial, porém não apresentaram muita força como na Europa. Foram julgados, principalmente no Nordeste, alguns casos de heresias relacionadas ao comportamento dos brasileiros, além de perseguir alguns judeus que aqui moravam.
Fonte: http://www.webartigos.com/articles/33360/1/O-TRIBUNAL-DO-SANTO-OFICIO-E-OS-TRIBUNAIS-SECULARES/pagina1.html