Em 1966 o presidente Castelo Branco criou o Movimento Universitário para o Desenvolvimento Econômico e Social (Mudes). Neste contexto as passeatas e organizações estudantis se tornaram ainda mais reprimidas, devido a isto, os estudantes se sentiram motivados a agir cada vez mais, contra a opressão e violência da Ditadura. Com este apoio estudantil, a UNE decretou a segunda greve geral e elegeu o dia 22 de setembro como o Dia Nacional da Luta contra a Ditadura. Em 1968, a terceira greve geral estudantil promovida pela UNE, teve como objeto de luta, a morte do estudante Edson Luís Lima Souto, no fechamento do restaurante Calabouço, o que mais tarde derivou na Passeata dos Cem Mil, no Rio de Janeiro, e em outros movimentos desencadeados a partir dessa morte, que segundo historiadores, foi a primeira vítima da Ditadura Militar. Devido ao decreto do Ato Institucional nº5 (AI-5), em dezembro de 68, houve uma mudança na atuação dos estudantes manifestantes da UNE, já que grande parte fora preso ou exilado devido ao decreto, a União passou a agir de forma mais discreta, como por exemplo, uma missa de dois anos da morte do estudante Edson Luís. Fontes:Por Iasmin da Costa Marinho 
Nesse período tudo o que era de ordem estudantil ficou em posse do Ministério da Educação (MEC), consequentemente, qualquer movimentação estudantil contra a Ditadura ficaria no poder do Estado.
http://www.une.org.br/home3/une_on-line/m_4161.html
http://www.dialogosuniversitarios.com.br/pagina.php?id=413
11.3.10
A UNE na Ditadura Militar
No apogeu militar, a União Nacional dos Estudantes, caracterizada como Movimento Estudantil desempenhou o papel de oposição ao autoritarismo e luta pela liberdade democrática. Juntamente com as Uniões Estaduais Estudantis, as UEE’s, a UNE foi posta na ilegalidade devido ao incêndio causado por participantes do movimento militar e passou a atuar na clandestinidade a partir de 1966.
